วิธีรักษาฝีคัณฑสูตรจะมุ่งเน้นให้เป็นวิธีแก้ฝีคัณฑสูตรให้หายขาดมากที่สุดโดยที่ไม่ทำลายหูรูดทวารหนักหรือทำลายน้อยที่สุดเพื่อให้ไม่มีความผิดปกติของการควบคุมการกลั้นอุจจาระหรือผายลม  การผ่าตัดรักษานั้นทำได้หลายวิธีขึ้นอยู่กับลักษณะของโรค ซึ่งจะประเมินวิธีรักษาฝีคัณฑสูตรหรือการผ่าตัดที่เหมาะสำหรับผู้ป่วยแต่ละบุคคล ฝีคัณฑสูตรกินยาอะไร หรือรักษาอย่างไรโดยสามารถแบ่งการรักษาฝีคัณฑสูตรออกเป็น 2 วิธีหลัก ดังนี้

1. การผ่าตัดเปิดฝีคุณฑสูตร (Fistulotomy or fistulectomy) วิธีนี้เหมาะสำหรับฝีคัณฑสูตรชนิดที่อยู่ตื้น ผ่านหูรูดไม่มาก ซึ่งหลังทำการผ่าตัดมักจะไม่มีปัญหากับการควบคุมหูรูด
2. การใช้ยารักษาฝีคัณฑสูตร ซึ่งจะไม่ใช่ยาฆ่าเชื้อทั่วไป เป็นยารักษาฝีคัณฑสูตรแบบกินและทา ซึ่งสามารถปรึกษากับทางผู้เชี่ยวชาญเพื่อรับยาแก้ฝีคัณฑสูตรได้โดยตรง